La historia de las consolas de Sega es una a menudo escrita por sus competidoras. Ya desde el principio Sega intentó seguir los pasos de Nintendo, tanto a la hora de crear una mascota reconocible por el público como por intentar ofrecer un catálogo variado de videojuegos. Siendo conscientes de la ausencia de una franquicia importante de RPGs en Saturn, Sega unió fuerzas con la desarrolladora Red Entertainment (por aquel entonces Red Company) para crear una saga que fuese un éxito entre los fans de los RPGs. Eso es algo que Red Entertainment había logrado anteriormente en 1992 con el Galaxy Fräulein Yuna para la TurboGrafx-16 y, especialmente, con Far East of Eden (天外魔境, Tengai Makyou), una saga que a principios de los noventa llegó incluso a rivalizar en términos de éxito con las conocidas franquicias Dragon Quest y Final Fantasy.
Sega, esperando que Red Entertainment pudiese repetir ese éxito, contactó con el creador de Far East of Eden, Oji Hiroi, a principios de 1994. Hiroi se mostró inicialmente receloso ante un acuerdo, pensando que sus juegos hasta entonces habían sido competidores de Sega. Sin embargo, eventualmente les propuso un proyecto que había abandonado tiempo atrás por resultar demasiado ambicioso: Sakura Wars.
Sakura Wars combina muchas de las cosas que hicieron que Galaxy Fräulein Yuna y Far East of Eden fuesen tan populares. Far East of Eden, por ejemplo, fue el primer RPG con cinemáticas animadas y doblaje de voz, y Sakura Wars tiene un montón de ellas. De Galaxy Fräulein Yuna, por su parte, toma los combates con chicas que montan en mechas. Sakura Wars siempre iba a ser eso, dos juegos en uno: un RPG táctico con un combate influenciado por la popular saga Fire Emblem de Nintendo y una visual novel con elementos de simulador de citas. La historia se ambienta en una versión alternativa de la época Taisho de Japón, antes de la Segunda Guerra Mundial, donde las chicas usan poderes mágicos para controlar mechas y así mantener la paz. Para deleite del público, las chicas también actúan en el Imperial Combat Revue como un grupo de teatro. El «Sakura» del título hace referencia tanto al cerezo en flor, símbolo de Japón, como a la protagonista, Sakura Shinguji. Los jugadores, sin embargo, nunca controlan a Sakura o a ninguna de las otras actrices, sino que juegan como el alférez de marina Ichiro Ogami.
